第二次世界大战结束后，英殖民地政府重新统治马来亚，为巩固其政权，拟以英文作为惟一的教学与考试媒介，实行以教育方式达致同化各族，共同效忠英国之奴化政策，因而对本地各民族学校，尤其是华校实施各种限制，意图将华小变为英校。在威迫利诱下，各校朝不保夕，改制之谣言一日数起，在此危急时期，拿督黄树芬、王秀岩、陈宝锦、周清泉、赵平阶、林绿野、孙一尘、龚铸山、马少骥、黄绍楠、陈人浩、洪肇闪、黄卫强等前辈发起组织联合会，以达致团结力量捍卫华文教育、互通声气、反对不利华教之措施。于是在1949年6月6日柔佛州华校董教联合会正式成立，拿督黄树芬为第一任主席，其后历任主席有曾崇文先生、拿督黄庆云局绅先生、拿督叶金福局绅先生、拿督刘金钟先生、苏本有先生、拿督郭鹤尧先生、黄复生先生、郭全强教授先生及现任主席黄循积先生。
1954年，马来西亚华校董事联合会总会（董总)成立，本会加入为会员，。
本会成立迄今已走过60载。在历届理事们的努力下，始终秉持着本会宗旨，联系本州岛华校，共谋维护华教，促进华校之发展，提高教育效率及增进教师之福利，坚定不移地为华教事业奋斗，本会已取得稳健发展和一定成果。
柔佛州拥有215间华小，9间独中(含宽中古来分校)及1间华社筹办之南方学院，华文教育体系足可称完整